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      中國中醫科學院中藥資源中心發表整合藥用植物組學平臺 IMP

      基因組測序和合成生物學的最新進展重新激發了人們對天然產物研究的興趣。盡管有很多藥用植物的基因組和轉錄組測序數據,但缺乏可公開訪問的基因注釋和表格格式的基因表達數據,這不利于它們的有效利用。

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           為了解決這一緊迫問題,中國中醫科學院中藥資源中心開發了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合藥用植物組學平臺https://www.bic.ac.cn/IMP 。IMP 于 2023 年 10 月發表于 Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898。

           IMP收錄了84個高質量的基因組(預期收錄所有植物的基因組),整理了848,565,672個基因,以及2,158個轉錄組測序樣本,涵蓋了多個器官、組織、發育階段和脅迫刺激。通過集成的10個分析模塊,用戶可以簡單地在IMP中探索基因的注釋、序列、功能、分布和表達。IMP的開發和使用將會從基礎數據層面促進藥用植物分子代謝途徑的解析,進而在推動合成生物學的發展、促進藥物發現和藥物生產的天然來源的探索方面發揮重要作用。

           IMP 針對收錄的數據提供了 10  個功能分析模塊,示例性結果如下圖,包括多基因表達圖譜的繪制、共表達基因的搜尋和鑒定、基因簇的展示、BLAST  序列搜索、多序列比對、在線差異基因分析(樣品相關性熱圖、差異基因熱圖和火山圖)、GO/KEGG富集分析、GSEA 富集分析、IGV  基因組瀏覽器展示、引物設計、序列提取等。

          中國中醫科學院中藥資源中心陳同博士和楊莓博士(在讀)為論文第一作者,黃璐琦院士、郭娟、袁媛為該論文共同通訊作者。相關工作得到中央級公益性科研院所基本科研業務費專項資金、中國中醫科學院科技創新工程項目、道地藥材品質保障與資源持續利用全國重點實驗室開放課題、國家重點研發專項等的支持。

       


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